Ответ: Вот перевёл некоторые последние записи в язык графиков и тоже несколько несоответствий получилось. Самое забавное, так это в один день две разных машины на одном и том же графике ;-) Но если учесть, что вторая из них 584, то вполне можно заключить, что 1278 поломалась.
Если привести на 1 января (правда не самый удачный выбор, зато считать проще), то получается:

2 - 1290
5 - 914
6 - 1348
7 - 1278
18 - 955
21 - 1347
23 - 676
31 - 903 (а вот по другим расчётам должна быть на 1-ом)
32 - 979 (двоекратное подтверждение у меня)
33 - 475 (по крайней мере 21.12 была на 34 графике)
34 - 977 тут у нас с тобой несхождение
35 - 044
38 - 1346
40 - 050
41 - 925

Но тут выяснилось самое интересное. Не зря в списке изначально поезда не по порядку шли. Вот как выглядит второй круг по 1 января (условно), начиная с 31 маршрута: 903, 979, 946, 977, 044, 1271, 995, 1346, 961, 050, 925 и 1073. Всё сходится. Только у них приведено, толкаясь от другой отправной точки - в верху списка сидит 1346.
С первым кругом вот как дела обстоят (по 1 января условно), начиная с 1-ого графика: 1280, 1290, 1339, 676, 914, 1348, 1278, 1305, 910, 1283, 1315, 921, 936, 1303, 980, 1302, 1314, 955, 1289, 1028, 1347, 982, 1228 и 1279. Всё почти сходится - остаётся уточнить насколько ;-). Это тот самый список, в который кстати не вошли 1325, 649 и 1089 (ранее забыл приписать, что её тоже в списке нет).
Казалось бы, всё упростилось до безобразия. Имеем шесть формально незадействованных составов: 446, 475, 584, 649, 1089 и 1325. Тут следует вспомнить про отсутствующую в рабочем состоянии 1283 (10 график), про 51 ежедневный, про 52 по СВ. Три состава пристроили (осталось узнать - кто где), три оставшихся - подменные (методом отчисления из шестерых первой троицы узнать какие). Вот.

Ответ: Спасибо, Миша, за уточнения, а то я в связи с отпуском (как ни парадоксально) и ремонтом в квартире на вокзале уже не был n-ое количество дней. С исправлениями более-менее понятно. Сейчас внесу в текст.
997 и 1025 в Зеленогорске. Причём 997 была ещё в начале осени, когда там прохлаждались 1315 и 1283. 997, как мне кажется, кандидат на КРП.
Да, для 1025 свой отдельный график был летом (и вроде уже не первый год); вот любопытно, как она с понедельника по четверг ездила? А вообще хороший марщрут - позволял беспрепятственно с Финляндского на Ладожский попадать. Я по возможности на ней ездил.

Ответ: Что-то я запутался, где авария то была: в Курорте (как мне думалось изначально) или в пределах станции Сестрорецк?
584 - налицо использование в качестве резервного.
17 график исправлю - недописка просто.
С 6843 разобрался - он только в 4-графике. А 34 глюкнутый какой-то - последнего рейса похоже вообще не существует.
6005 по СВ скорее до Сестрорецка, но в служебке Белоостров.
По-моему тоже 51 сам по себе крутится, скорее всего там какой-то один и тот же состав, вероятно из старых, ранее тоже такое было.
Про 1073 просто забыл впечатать - недописка, но в списке есть. А 1080 и 1291 чего писать то, коли они не работают - смысл списка - очертить работающие составы; вот когда скоро 1309 войдёт в колею, то и его внесу. Кстати, кого-то он вытеснит и не факт, что из подменных. Есть вероятность, что например 1348.
По моим данным 1080 в Великих Луках, 1291 с перепробегом в Зеленогорске.

Ответ: На данный момент данных нет. Вероятно, выяснится ретроспективно. Ещё уточню у своих источников. В любом случае повреждения минимальны - максимум метельник с одной стороны да лестница в служебный тамбур. Схода похоже не было. Да и скорость там небольшая - переезд совсем рядом с платформой. Официальная пресса дороги вообще не упоминула про этот случай. Впрочем, про машиниста из Волховстроя со съехавшей крышей они тоже пока молчат.

Ответ: Именно. См данный сайт.

Ответ: Правильно делал. Пригодится.

Ответ: 1. Для начала неплохо бы, чтобы 747 не загремел на Калининградскую дорогу.
2. На счёт КР? Ровно на столько, на сколько написано. Есть сомнения?